Rendimiento del sistema Illumina GGP Bovine 100K SNP para el genotipado de poblaciones de búfalos en Colombia
Resumen
La selección de búfalos en Colombia se basa principalmente en la evaluación del mérito genético o pruebas de desempeño. A pesar de la disponibilidad de herramientas de genotipado específicas para búfalos, su costo limita la implementación rutinaria de la selección genómica en el país. Por lo tanto, llevamos a cabo una evaluación de matrices de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) diseñadas originalmente para ganado vacuno para determinar su potencial aplicabilidad en la evaluación genética de poblaciones de búfalos colombianos. Se genotiparon ocho muestras de ADN de individuos de búfalo pertenecientes a los grupos genéticos Murrah, Mediterráneo y mestizos utilizando el Illumina Bovine HD770K Array. Los SNP que se superpusieron con los microarrays GGP-HD150K y GGP-LD30K (Illumina) se seleccionaron específicamente considerando la disponibilidad de chips comerciales. Posteriormente, se analizaron 24 muestras adicionales utilizando la matriz GGP Bovine 100K. Se calculó la segregación de alelos, la heterocigosidad, la estructura genética y la asociación genómica con el peso a los 25 meses. De los 734.240 SNP identificados, 86.521 (11,7%) exhibieron una segregación uniforme en búfalos en todos los cromosomas que oscilaban entre el 10,8% para Chr11 y el 12,5% en Chr 12. Al extraer los SNP segregantes en HD770K de los chips GGP-HD150K y GGP-LD30K, identificaron 15.169 y 3.311 marcadores, respectivamente. El análisis utilizando GGP Bovine 100K reveló 5.995 SNP segregantes, de los cuales el 42,01% tenía Ho <=0,5. En promedio, la heterocigosidad observada en los búfalos fue mayor que en el ganado vacuno. La estructura genética entre los tres grupos genéticos incluidos se detectó con éxito utilizando 2519 SNP (Ho <= 0,5). Además, 6 y 20 SNP con FDR 0,05 y 0,1 respectivamente, se asociaron con el peso a los 25 meses. En particular, algunos de estos SNP fueron ubicados en regiones genómicas que albergan genes como SLC24A4 o RPUSD4, previamente reportados asociados con rasgos de conformación o eficiencia alimenticia en ganado vacuno. Considerando el escenario actual, el análisis de relación costo-beneficio favorece el uso del array GGP Bovine 100K como estrategia inicial para sustentar la estructura genética de las poblaciones, pruebas de paternidad y futuros ensayos de evaluación genómica en búfalos.
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