tions. It has been hypothesized that the host’s genome ulti-

mately controls rumen microbial communities, but numerous

samples are needed to achieve robust results. The ease and

representativeness of the sampling method and the cost-e󰀩-

ciency of large-scale sequencing will, therefore, be major fac-

tors in ensuring the feasibility of a research project. The ratio-

nale of this work was to verify if non-invasive samples could be

a proxy for ruminal digesta and to validate the concentration

registered by a laser methane detector (LMD) at the nostrils

by measuring the actual concentration of CH4 at the rumen

cannulated bu󰀨alo cows, various matrices (whole rumen con-

tent, feces, and buccal swabs) were tested for DNA recovery.

Two di󰀨erent Buccal swabs were tested. Frozen solid and liquid

rumen fractions, feces as-is, pelleted, or in preserving glycerol

solution at room temperature were tested. Di󰀨erent protocols

for DNA extraction (WUR protocol; Kit Maxwell® Promega; Kit

Quick Extract™ Lucigen) and various sampling methods were

compared. Saliva was a di󰀩cult matrix to process and did not

yield satisfactory DNA, so it is unsuitable as a proxy. Feces

showed no di󰀨erence in preservation methods, and DNA recov-

y los rumiantes son una fuente importante de aportes agríco-

las. Se ha planteado la hipótesis de que las comunidades mi-

crobianas del rumen están controladas en última instancia por

el genoma del huésped, pero se necesitan numerosas mues-

tras para lograr resultados sólidos. Por lo tanto, la facilidad y

representatividad del método de muestreo y la rentabilidad de

la secuenciación a gran escala serán factores importantes para

garantizar la viabilidad de un proyecto de investigación en este

campo. El objetivo de este trabajo fue vericar si las mues-

tras no invasivas podrían ser un indicador de la digesta ruminal

para adquirir los datos. El ensayo tuvo como objetivo comparar

un muestreo fácil (1’ durante una sesión de ordeño), con uno

más largo y laborioso (5’ animales capturados en un mues-

treo). En cicno (5) búfalas canuladas, se analizaron varias

matrices (contenido total del rumen, heces e hisopos bucales)

para la recuperación de ADN. Se probaron dos hisopos bu-

cales diferentes. Se analizaron fracciones de rumen sólidas y

líquidas congeladas, heces tal cual, granuladas o en solución

de glicerol conservante a temperatura ambiente. Se compara-

ron diferentes protocolos para la extracción de ADN (protocolo

amount of DNA, and Kit Maxwell was the one that gave the

overall best performance. As for the CH4 measure, there was a

signicant correlation between the rumen’s highest pick value

of emission at the cannula and the intensity and duration of

breath emission, calculated as breath + eructation. Moreover,

we found a highly signicant di󰀨erence in emissions patterns

when animals were subjected to distress (connement, manip-

ulation). LMD showed di󰀨erent emission trends under di󰀨erent

sampling conditions, which seems suitable for CH4 measure-

ment in the bu󰀨alo species.

en cuanto a los métodos de conservación y la recuperación de

ADN fue similar al rumen; sin embargo, se debe realizar análi-

cies también es comparable. Todos los métodos de extracción

de ADN fueron satisfactorios: Quick Extract fue el más fácil de

realizar, WUR dio como resultado la mayor cantidad de ADN y

Kit Maxwell fue el que brindó el mejor rendimiento general. En

cuanto a la medida de CH4, hubo una correlación signicativa

entre el valor más alto de emisión del rumen en la cánula y la

intensidad y duración de la emisión de aire, calculada como

aliento + eructos. Además, encontramos una diferencia muy

signicativa en los patrones de emisiones cuando los animales

fueron sometidos a angustia (connamiento, manipulación,